1、诉讼时效抗辩权的效力是具有两个层面的复合结构，第一个层面是诉讼时效发生的直接后果，义务人取得可以拒绝其应为给付之权利，即诉讼时效抗辩权，对于权利人而言，债权并不产生任何影响，债权仍是完全债权。由此可见，诉讼时效抗辩权之要旨，并非在于消灭权利本身、剥夺权利人之权利，而是在于给予义务人一保护手段。第二个层面是诉讼时效抗辩权主张的效果，义务人主张诉讼时效抗辩权的，权利的请求权被阻却，义务免于履行。

2、法院不能主动适用诉讼时效的规定进行裁判。诉讼时效抗辩权是私权利，是否行使属于抗辩权人自由行为的范畴，法院应当尊重当事人的意思自治。法院不能主动适用时效抗辩权的相关法律规定。依据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条规定，当事人未主张诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。

3、一项被提出时效抗辩的权利仍可作为抗辩其他权利的基础。如前所述，义务人主张诉讼时效抗辩权的法律后果为义务人阻却权利人的请求，免除义务人应当履行的义务，并不消灭权利本身。因而，即使权利被义务人主张时效抗辩权，权利仍然存在并可以作为抗辩其他权利的基础。

4、义务人主张诉讼时效抗辩权的，其对人的效力具有相对性。诉讼时效届满后，权利人的请求权得以阻却的后果不必然产生，以义务人行使诉讼时效抗辩权为前提。在义务人众多的情形下，其中一人所为诉讼时效抗辩权之效力，或其中一人之抛弃时效利益，对于其他人不产生影响，即诉讼时效抗辩权的主张只产生相对效力。