仲裁协议约定了两个仲裁机构，仲裁协议是否有效需要具体分析。某些仲裁条款可能约定两家或两家以上的仲裁机构，仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。

仲裁协议的无效情形

1、约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；

2、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；

3、一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。

4、以口头方式订立的仲裁协议无效。

5、仲裁协议对仲裁事项没有约定或约定不明确，或者仲裁协议对仲裁委员会没有约定或者约定不明确，当事人对此又达不成补充协议的，仲裁协议无效。

6、无法实现的仲裁协议。有的仲裁协议规定，争议发生后，提交中国仲裁机构依照美国仲裁协会的仲裁规则进行仲裁，这种协议是无效的。

7、选择的仲裁机构不存在的，仲裁协议无效。

8、仲裁终局性不确定的仲裁协议。有的仲裁协议规定，合同执行过程中出现的问题双方应协商解决，协商不成，可提交某仲裁机构仲裁，如对仲裁裁决不服的，可向人民法院起诉，这种协议因违背了仲裁终局性原则而无效。

《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国仲裁法＞若干问题的解释》第五条仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。