1、在法律效力方面，如果将这类房屋未经有关组织和部门批准出售给本乡以外的人员，合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，则该合同作无效处理。

2、在房产转让方面，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。因为小产权房只有使用权，没有所有权。

3、如果日后这类房屋遭到强制拆除，购房人可能既要不回房屋，又得不到赔偿。因为这类房屋的产权不是合法的。

4、在房屋监管方面也存在着漏洞。如果出现房屋质量问题，很难找到相关单位来进行维修。

一、“小产权房”买卖纠纷，法院难处理“小产权房”的低价，原因是节省了土地成本和相关税费，房屋质量有时也存在隐患，当双方发生纠纷时，如果一方起诉到法院，对于未履行相关土地征收、征用手续即占用耕地进行房屋建设引发的合作开发房地产及房屋买卖合同民事纠纷，应先由行政机关解决该被侵占耕地的保护问题。在行政机关未对违法占用耕地的行为进行处理之前，人民法院不宜直接审理民事纠纷。

二、宅基地上的房屋买卖合同存在无效风险现阶段，我国城市化还处于较低层次，农村社会保障体系还不完善，宅基地还具有较强的社会保障和社会福利性质，完全放开对宅基地使用权限制的条件还不具备。对于已将宅基地流转确定为试点地区的，可以按照国家政策即相关指导意见处理宅基地使用权因抵押担保、转让而产生的纠纷。对于宅基地流转处于非试点地区的，农民出售其宅基地上的房屋给城市居民或者出售给不同农村集体经济组织成员，该房屋买卖合同一般应认定无效。合同无效后，买受人可以请求返还购房款并支付中国人民银行同期同类银行贷款利息。买受人已经对该房屋进行改建或者翻建，也可以一并请求赔偿翻建或者改建成本。所以，再决定是否要买小产权房或者农村房屋前，一定要清楚法律规定和法院的处理原则，否则发生纠纷时才想起来用法律的武器来保护自己，就属于亡羊补牢了，你的损失可能也是无法弥补的。