如果施工合同中约定有发包人直接将分包工程款支付给分包单位，则总承包单位应按照约定处理相关事宜；如果合同中对此没有约定的，则发包人的行为构成违约，总承包单位可要求发包人承担相应违约责任。

一、甲方与分包直接签合同是否合法

甲方与分包直接签合同合法。

分包是指建筑工程总承包单位，将承包工程中的部分工程，发包给具有相应资质条件的分包单位的行为。分包主体应当具有相应的资质，并征得发包人的同意。主体结构施工不得分包、非主体结构工程可以分包，工程不得全部分包、不得再次进行分包。

承包单位将承包的工程转包的，或者违反规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级。情节严重的，吊销资质证书。承包单位对因转包工程，或者违法分包的工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包或者分包的单位，承担连带赔偿责任。在工程发包与承包中索贿、受贿、行贿，构成犯罪的，依法追究刑事责任。

工程分包甲方要注意什么问题

1、业主应在招投标阶段将指定分包内容明确化，业主招标文件不明确时应及时提出咨询。应在总承包合同条款中详细约定指定分包工程的具体内容，明确承、发包双方的权利义务和相关费用的收取方法；

2、总包合同中，总包承包范围、工程工期等方面尽可能约定不包含指定分包工程内容；

3、作为总承包人，应尽量避免与指定分包人签订指定分包合同，争取使发包人与指定分包人直接签订指定分包合同，使指定分包工程变为总包合同外工程；

4、若必须与指定分包人签订指定分包合同的，争取签订包括发包人、指定分包人在内的三方协议，约定总承包人仅履行总包管理之责，付款义务在发包人一方。