根据刑法规定传染病菌种扩散罪既遂会判处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。传染病菌种、毒种扩散罪是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传播染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。

传染病菌种扩散罪如何处罚

根据刑法第331条之规定，犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

加重处罚事由犯传染病菌种、毒种扩散罪而后果特别严重的，是本罪的加重处罚事由，这里的后果特别严重，是指致使多人死亡或者残疾的等。

传染病菌种扩散罪的主体一般是从事实验、运输这些病菌种的人员，这些人员可能会由于过失将这些病菌种在一定范围内进行传播，使该范围内的动物或人体发生一定的损伤，如果后果严重，如造成多人死亡的，会被加重处罚。

《刑法》第三百三十一条

从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。