城镇土地使用税和耕地占用税是不同的税种，在不同的环节征收，纳税义务发生时间和纳税期限都有所不同，不存在重复征税问题。

耕地占用税是在全国范围内，就改变耕地用途的行为在土地取得环节一次性征收的税种，目的是保护耕地。城镇土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，在土地的持有和使用环节征收的一种税，目的是引导企业集约、节约土地，促进土地资源合理配置。

耕地占用税暂行条例规定，土地管理部门在通知单位或者个人办理占用耕地手续时，应当同时通知耕地所在地同级地方税务机关。获准占用耕地的单位或者个人应当在收到土地管理部门的通知之日起30日内缴纳耕地占用税。城镇土地使用税暂行条例规定，新征收的土地，依照下列规定缴纳土地使用税：征收的耕地，自批准征收之日起满1年时开始缴纳土地使用税；征收的非耕地，自批准征收次月起缴纳土地使用税。

耕地占用税暂行条例规定，耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额一次性征收。城镇土地使用税暂行条例规定，城镇土地使用税按年计算，分期缴纳，缴纳期限由省、自治区、直辖市人民政府确定。

由于在征收中这两个税有部分重合，为避免对一块土地同时征收耕地占用税和城镇土地使用税，国家在《条例》规定上，与耕地占用税作相应的衔接，即对新征用的耕地，凡是缴纳了耕地占用税的，从批准征用之日起满一年时开始缴纳城镇土地使用税；征用非耕地因不需要缴纳耕地占用税，因此，自批准征用次月起缴纳城镇土地使用税。