本条虽然对虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪未规定任何情节上的限制，但并非所有的虚开增值税专用发票的行为和虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票行为都应以犯罪论处。对于其中情节显著轻微、危害不大的行为，应根据本法第l3条但书的规定，不认为是犯罪。如虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票数额较小而又无伪造、非法购买增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票等其他情节的，虚开数额较小尚未造成偷税、骗取出口退税等其他后果的;图谋虚开但尚未着手且无其他严重情节的;在他人的威胁、要挟之下被迫为他人虚开但虚开数额不大的，等等，应不作为犯罪处理。

需要指出，根据最高人民法院对全国人大常委会《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》的有关司法解释，虚开增值税专用发票税款数额1万元以上或者虚开增值税专用发票致使国家税款被骗取5000元以上，即应认定为犯罪，否则不是犯罪。在无新的司法解释之前，这一标准可资参考。