1、商标侵权案件的行政管辖，既可以是侵权人所在地的工商行政管理部门，也可以是侵权行为地的工商行政管理部门。

2、县级以上工商行政管理部门在受理商标侵权案件后，通过调查取证、在认定事实的前提下，制止侵权行为，并根据侵权人违法事实和情节轻重、作出行政处罚。

具体处罚措施包括：

（1）责令立即停止销售；

（2）收邀并销毁侵权商标标识；

（3）消除现在商标上的侵权商标；

（4）收邀直接专门用于商标侵权的模具、印板或者其他作案工具；

（5）责令并监督销毁物品；

（6）根据情节处以非法经营额50%以下或侵权所获利润五倍以下发罚款，并可以责令侵权人赔偿被侵权人的损失。

3、商行政管理机关认为侵犯注册商标专用权的，在调查取证时可以行使下列职权：

（1）询问有关当事人；

（2）检查与侵犯活动有关的物品，必要时，可以责令封阅；

（3）调查与侵权活动有关的行为；

（4）查阅、复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料。

4、选择工商行政管理部门处理商标侵权案件，有其独具优势：受理案件的人员业务熟悉，处理程序简便，结案较快，因而省时省力。但其明显的不足之处是行政处理决定无终局效力，当事人如对工商行政机关处理不服的，仍可以向人民法院起诉。

法律规定：

《商标法》第六十一条：对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处；涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。