性质不同。司法机关是行使司法权的国家机关，是国家机构的基本组成部分，是依法成立的行使相关国家职权的司法组织。公安机关是人民政府的重要组成部分，是国家的行政机关。构成不同。在中国，司法机关指人民法院、人民检察院两大类。另外，公安机关可以被认为是司法机关的一部分，在行使行政职能时则不属于司法机关。国家安全机关、监狱侦查部门、军队保卫部门等其他负有刑事侦查权的机关在进行刑事诉讼的过程中其角色同公安机关。职能不同。最高人民法院是中华人民共和国最高审判机关。公安机关是政府的一个职能部门，依法管理社会治安。

司法机关运用证据的原则

从实体法的角度看，只要有助于发现和查明案件真实的事实和材料都必须得到承认和运用，否则就谈不上实体公正；

而程序法则要求能够证明案件真实情况的事实和材料必须符合证据规则的要求，否则就不能作为认定事实的依据。

公安机关提请批准逮捕书、人民检察院起诉书、人民法院判决书，必须忠实于事实真象。故意隐瞒事实真象的，应当追究责任。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第三条对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和以外的法律的有关规定。