依据《商标法》第六十条规定，侵犯商标专用权的行为由工商行政管理机关和人民法院处理。

任何人都可以向侵权人所在地或侵权行为地的县级以上工商行政管理机关控告或检举。一般侵权案件由县级工商行政管理部门查处，涉外案或大案由地级或省级工商行政管理机关处理。侵权人所在地，是指侵权人住所、居所所在地或侵权人单位所在地;侵权行为地，指侵权人实施侵权行为所在地。

对工商行政管理机关处理不服的可以向人民法院起诉。被侵权人也可以直接向人民法院起诉。对于商标侵权的地域管辖，我国商标法没有明确规定。但《民事诉讼法》第二十八条规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或被告住所地人民法院管辖。当事人因不服工商行政管理机关的处理而人民法院起诉的，行政案件由最初做出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖，经复议的案件，也可由复议机关所在地人民法院管辖。

工商行政管理机关和法院在处理商标侵权案件时有所不同，主要表现如下。

1)要求处理的当事人不同按照《商标法》之规定，任何人都可以向工商行政管理机关控告或检举商标侵权行为，既可以是被侵权人，也可以是被侵权人以外的其他人。而请求人民法院处理商标侵权案件的当事人，必须是被侵权人。法院不受理其他人的起诉。当然消费者也可以根据《消费者权益保障法》向人民法院起诉，但这时涉及的是经营者对消费者权益的侵害，而不是商标侵权引出的法律关系。

2)对被告要求不同工商行政管理机关在受理商标侵权案件时，只要求提供侵权事实存在，被告不一定十分明确;而人民法院要求被侵权人起诉时，必须提供明确的被告，否则不予受理。

3)受理原则不同工商行政管理机关从保护消费者利益、制止不正当竞争、维护社会正常经济秩序出发，即使无人控告、检举，也要“主动查处”商标侵权行为。人民法院则实行“不告不理”的原则。没有被侵权人起诉，人民法院不处理商标侵权案件。