公司刻两套公章是违法的。公章是指机关、团体、企事业单位使用的印章，由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同，根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。任何单位公章的使用，必须严格遵守领导批准制度，每次使用单位公章都必须由单位法定代表人批准同意，单位法定代表人外出或因其他重要任务不能批准使用，必须由单位法定代表人授权副职等合适人员批准使用，具体经管人员不得擅自使用单位公章办理任何事情。

一、合同签名或盖章是否生效的情况

1、只有单位盖章，无人代表公司签字。

因为一个单位的行政公章、合同章能够完全代表一个公司，所以一份合同或协议，有公司盖章就足以认定为公司的真实意思。这里的印章应该是在公安机关申请刻制并经备案的印章，如果是私刻的印章，原则上不能代表公司，同时对公章的私刻人和使用人要追究相应的行政责任乃至刑事责任。司法实践中，对被误盖或他人偷盖公章的合同，人民法院一般也是采用“认章不认人”的原则来判定合同的效力，因此，任何单位对印章要严格监管，以免一次小的错误给自己单位造成难以弥补的损失。

2、只有法定代表人签字，无单位盖章。

“当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。依此理解，只有法定代表人签字未盖章的合同似乎并未成立。当事人订立合同，应当具有相应的民事权利能力和民事行为能力。当事人依法可以委托代理人订立合同。”“法人或者其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，除相对人知道或者应当知道其超越权限的以外，该代表行为有效。”由此可见，法定代表人代表法人行使职权，一般应当视为其具有相应的民事权利能力和民事行为能力，其代表行为有效，其以法人名义对外作出的行为应由法人承担责任，而加盖公章并非合同成立的必备条件。因此，虽然只有法定代表人或负责人签字，未加盖单位印章，只要该单位的法定代表人或负责人在相关注册登记上作了登记，对外就具有公示力，其代表单位签订相关合同与协议的行为理应视为单位的行为，单位应对此承担民事责任。

3、只有部门负责人签字，无单位盖章。

一般来说，单位的部门负责人都是由公司内部任命，不在注册登记信息中显示，因此也不具有对外公示效力，部门负责人的签字行为不能当然代表单位。如果在必要时需要让其签字行为对第三人生效，必须有特别授权，即单位应为其出具授权委托书，注明委托其办理的事务、权限范围、权限的截止时间等并加盖单位印章，签约对方应留存该授权委托书作为合同的附件，这样其签字行为才合法有效。

4、既有单位盖章，又有法定代表人或负责人签字。这样的合同或协议签约形式有效。

5、既有单位盖章，又有部门负责人或代表人签字。这样的合同或协议签约形式有效。

6、没有单位盖章，也没有任何人签字。

二、合同章和公章的区别

合同章和公章的区别如下：

1、使用范围不同，公章适用范围广，覆盖合同章。合同章只能在合同上用；

2、执章人不同，公章由法定代表人管理，合同章由法人和专门的合同人员保管；

3、管理部门不同，合同章的管理部门是法律部门，公章的则是公司的综合管理部门；

4、是权力和确认力不同，公章具有最高的效力，合同章只能在签约的范围内代表单位。

一、合同章的法律效力表现为：

1、在合同上签字并盖合同章，在另一方也签字、盖章的情形下，该合同成立；

2、该合同同时符合法律规定的生效要件时，具备法律效力。

二、公章管理办法如下：

1、指定专人保管。小型企业由作为股东的法定代表人保管较为稳妥。对大中型企业应安排行政岗位的人员保管，可采取分级保管制度，明确保管人的责任。避免业务人员自行保管，以加强监督和控制；

2、要有统一的印章使用台账，有用印申请表，明确审批的层级和流程，做到审批、经办、用印、文件相对应，有可追溯性；

3、特殊情况下携带印章外出时，一定要经领导批准，并指定监印人。印章遗失必须报案，并在报纸上刊登作废声明；

4、禁止在空白纸张上加盖印章，特殊情况下，一定要经领导批准，并严格事先和事后的核准登记。

总之，公章一般是单位处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件具有法律效力。合同章是专门用于合同签订的印鉴，在签订合同方面两者效力一样，只要是真实的。