第三方审计不认可可以去法院起诉。如果审计公司审的不合理，可以提出更换审计公司，没有合情合理的审计依据，当事人可以进行起诉。根据相关法律规定，被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。

委托第三方审计公司后还需要审计局吗

如果工程付款是财政性资金，就必须由审计局审计，不然拿钱麻烦或者拿不到。其实审计局也做不了那么多的工程审计，最后还是由审计局移交给中介机构审计，但是经过审计局这一手，等于就有了合法的保障了。这主要看当地政府机关是怎样规定的，不管谁审计重要条件是审计资格，一般情况下都是由社会中介组织，或审计机关委托的其他单位都可以。

《中华人民共和国审计法》第四十八条被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。