在不同的组织中，有不同的管理控制系统。一个设计良好的管理控制系统主要集中在负责和控制资源分配的管理者身上。具体来说，组织中的每一个管理领导者都应该对一个单位负责，其职责就是完成一些共同的任务，从而帮助整个组织实现更多的战略目标。从管理控制体系结构来看，一个组织可以看作是由多个责任中心组成的网络。责任中心可以采取多种形式。一般来说，有五种类型：收入中心、标准费用中心、可支配费用中心、利润中心和投资中心。对于企业管理者来说，责任中心的设计应遵循这样一个原则，即设计的结构能使管理人员对所负责的项目有合理的控制。公司的管控结构能够为中下层管理者提供强大的动力，因此在设计责任中心时，还应考虑公司管理者的目标一致性问题，否则会给企业的管理带来很大的麻烦。

在实践中，管理控制过程有时是由正式的程序和过程组成的，有时是不正式的。然而，在大多数组织中，都有计划、预算、运作、衡量和报告的阶段。指组织决策所依赖的一组合理规划的活动，如这些决策所设计的产品的种类和数量、组织下一阶段预期提供的服务、生产产品所需的资源等，实际经营成果（收入和支出）的记录被保存，并且大多数组织为高级和中级管理人员准备年中经营成果报告，以决定是否需要采取纠正措施。在每个阶段，都会有相应的衡量指标。