工程欠款纠纷起诉程序是：

1．准确选择被告，在提起诉讼之时只要选择发包人、承担连带责任保证担保方式的任何当事人，包括一人或几人作为被告；

2．提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本；

3．根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉提交相应的材料；

4．立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续；

5．当事人在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费；

6．立案手续后，案件由法院排期开庭。

工程欠款纠纷的诉讼时效为多长

工程欠款纠纷的诉讼时效为3年。《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十九条人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。