根据刑事诉讼法和六机关《规定》的规定，遇有下列情况不计入原有侦查羁押期限，即重新计算羁押期限：

1、在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第154条的规定重新计算侦查羁押期限。重新计算侦查羁押期限的，由公安机关决定，无需人民检察院批准，但须报人民检察院备案。

2、公安机关补充侦查完毕移送检察院后，人民检察院重新计算审查期限。

3、人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。

4、人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起重新计算审理期限

5、第二审人民法院发回重审人民法院重新审判的案件，原审人民法院自收到发回案件之日起，重新计算审理期限。

6、简易程序转为普通程序的案件，审理期限应当从决定转为普通程序之日起计算。

在司法实践中，对于犯罪分子的犯罪事实侦查需要在法律允许的范围内进行处理，具体的认定情况由公安机关根据实际情况进行处理，另外，涉及到相关犯罪事实的认定，应当根据法律依据进行处理和判决，避免出现法律适用错误的情况出现。

变更羁押期限

我国刑法以及刑事诉讼法对于羁押期限是有规定的，在规定的时间之内如果没有被批准逮捕或者提出诉讼的话，一般就需要将羁押的对象释放。但是，在特殊情况之下，执法机关也是可以依法变更羁押期限的。变更羁押期限也可以理解为依法延长羁押期限。一般情况之下，刑事拘留的最长时限为37日，逮捕的最长时限为7个月，到了期限后，没有释放也没有变更强制措施，就叫做超期羁押。不过根据刑事诉讼法的规定，当出现法定事由时，可以延长羁押期限，甚至重新计算羁押期限。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百五十六条对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十条在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照本法第一百五十六条的规定重新计算侦查羁押期限。

犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，应当对其身份进行调查，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但是不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，确实无法查明其身份的，也可以按其自报的姓名起诉、审判。