从1996年《水污染防治法》实施以来，防治工作虽有一定进展，但水环境恶化趋势未得到根本遏制，治污速度赶不上污染的速度，所以资源性缺水和水质性缺水并存，制约了经济社会的可持续发展，危及到人民群众的身体健康和生产、生活。现在，我国水污染防治仍面临五大严峻问题：

1、水污染形势依然严峻。污染排放总量增长速度快，据水利部统计近3年增长8.6%，主要水系水质恶化程度没有得到控制，据环保局统计，2004年七大水系，一半以上达不到饮用水标准，一半以上属于五类、劣五类水，已不能直接使用。另外，水污染事故不断发生，经济损失较大。

2、工业污染仍然十分突出。不少老企业污染严重，无力治理，生产设备老化，工艺技术落后，产生的废水未经处理就直接排放;高消耗、高污染的小企业仍大量存在;不少企业有法不依，违法排污现象普遍。

3、城镇污水未有效处理。随着城市化发展，城市污水排放量增加，而污水处理厂建设缓慢，污水收集管网建设滞后，目前能正常运行的有1/3，低负荷运行的有1/3，还有1/3开开停停。另外，我国仍有一大批城市没有污水处理收费制度或收费偏低，不能满足污水处理厂的运营要求。

4、饮用水安全问题突出。我国一些地区饮用水源地水质差，不合格率占25%，全国农村尚有3亿多人饮用水不安全。

5、水资源浪费现象严重。据统计我国万元工业增加值用水量为222吨，是发达国家的5～10倍，工业用水重复利用率为62%，发达国家均为75%～85%;农业灌溉用水利用系数为0.45，而很多国家为0.7～0.8;生活用水浪费严重，全国管网漏损率为20%，每年浪费水达100亿吨以上。