内部审计作为医院内部自我约束机制的重要组成部分，已越来越引起医院管理者的重视。医院内部审计具有监督、评价、控制和服务四种主要职能。

一、监督职能医院内部审计监督就是监察和督促医院内部人员在其授权范围内有效地履行其职责，以保证医院的各项活动在符合医院内部的方针、政策、程序、政府的法律条例以及一般公认的管理原则的正常轨道上运行。

二、评价职能医院内部审计的评价是指医院内部审计人员依据一定的审计标准对所检查的活动及其效果进行合理的分析和判断。为实现医院目标所从事的一切医疗、管理活动，都是评价的对象。例如评价国家相关法律法规的遵守情况、卫生系统和医院部门政策遵守情况、医院发展目标和财务计划的遵守情况、业务活动的预算和财务预算的遵守情况、医院制定的各种程序标准的遵守情况、医院签订的各类合同的遵守情况、医院的医疗收费标准及药品招标采购是否遵守卫生系统收费标准和相关审批程序情况等。

三、控制职能控制职能是指内部审计作为一种管理控制，通过医院审计人员独立的检查和评价活动，衡量和评价其他内部控制的适当性和有效性的功能。医院内部审计是医院内部控制系统的一个重要组成部分，与其他控制形式相比，它更具全面性、独立性、和权威性，它是对其他控制的一种再控制。可以说医院审计部门是医院内部一个重要的具有管理性质的职能部门。

四、服务职能服务职能部门是指通过对被审查活动的分析、评价，向医院各科室提供改进工作的建议和咨询服务，从而医院内部各科室有效地履行其职责，提高其工作质量的功能。随着新医改方案出台及医疗市场不断完善，对内部审计的要求不断提高，医院内部审计已不能只停留在监督的角色上，而必须扩大自身的审计范围，发挥内部审计对医院经济工作的综合监督职能，并向效益管理延伸。应该强调的是，审计不是最终目的，它只是一种手段。内部审计工作的最终目的应该是帮助和促进医院各职能部门提高其经营管理水平与效率，实现监督与服务并举。