根据法律规定，在以下情形发生时，工程合同失效：

1、与工程合同相关的债务已履行完毕；

2、债务已经相互抵销的；

3、债务人已将标的物提存的；

4、债权人将债务免除的；

5、债权债务同归于一人的；

6、法律规定或当事人约定终止的其他情形。

工程合同纠纷的诉讼时效有多久

工程合同纠纷的诉讼时效为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国民法典》第五百五十七条

有下列情形之一的，债权债务终止：

（一）债务已经履行；

（二）债务相互抵销；

（三）债务人依法将标的物提存；

（四）债权人免除债务；

（五）债权债务同归于一人；

（六）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。

合同解除的，该合同的权利义务关系终止。