电子往来港澳通行证采用PET类环保材料通过高温层压制作而成，内含精密电子组件，背面使用了热敏重印膜。持证人在使用过程中应避免证件弯折、刮擦、水浸或接触高热、强光、强磁场等环境。

申请新版通行证需填写《中国公民出入境证件申请表，提交符合要求的照片，并按规定提交相关证明材料。内地公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)的申请人，均将采集或核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定;如持证人希望免登记使用港澳地区自助查验通道通关，还应在申请电子往来港澳通行证时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明(不满16周岁的由其监护人签署)。

电子往来港澳通行证背面打印的签注信息出现字迹模糊或消退等情况，其芯片记录签注尚未使用完毕，持证人可以向公安机关申请重新打印签注信息，公安机关出入境管理部门经查证属实后，可以免费为持证人重新打印原签注信息。