(一)因外部承包而引发纠纷

二十世纪八十年代后期以来，由于从事农业生产的收益相对较低，一些农民不愿意种地，部分农村土地被发包给集体经济组织以外的单位或者个人承包经营。但外部承包合同比较容易发生纠纷。随着农村经济结构的调整，有些地方的土地在升值，农民又开始愿意种植土地，此时就出现了农民对集体经济组织以外的人承包土地不满的情况，一些地方的集体经济组织迫于压力只得要求与承包人解除合同。外部承包合同发生纠纷的原因，有承包人违约引起的，也有因订立合同未经民主程序引起的。根据有关法律规定，将农村土地发包给集体经济组织以外的人承包要经过大部分村民同意，即要通过一定的民主程序决定。有的发包方以合同未经民主程序为由要求确认合同无效或解除合同。

(二)因承包方违约而引发纠纷

在承包合同履行过程中，承包人要按照合同约定交纳承包费；要维持土地的农业用途，不得用于非农业建设；要合理利用土地，不得给土地造成永久性损害。在实践中，承包方不履行合同义务的主要有两种：

1、承包人没有按约定交付承包费，拖欠承包费。承包人拖欠承包费有的是因为对发包方在履行合同义务方面有意见；有的是因为经营不善，交纳承包费困难；有的是故意不交纳承包费。有的承包费经发包方同意予以减少，但由于没有书面证据，发包方负责人更换后不能得到继续认可也是发生纠纷的一个原因。

2、承包人擅自改变土地用途，进行破坏性、掠夺性经营。例如，在承包期内，承包人未经发包人同意，也未经有关部门批准，即在承包土地上建楼房，搞房地产经营。又如，某村将本村的一片果园承包给本村的一位农民经营，该农民见果园下面有沙子，卖沙子比搞果园经营赚钱，于是该农民在果园时挖沙卖沙，改变了土地的使用方式，进行破坏性、掠夺性经营。

(三)因发包方违约而引发纠纷

在农业承包合同履行过程中，发包方要依照承包合同约定为承包方提供生产、技术、信息等服务；要维护承包方的土地承包经营权，不得非法变更、解除承包合同；要尊重承包方的生产经营权，不得干涉承包方依法进行正常的生产经营活动。这些都是发包方应当履行的义务。在实践中，发包方违约的主要有：

1、干涉承包方的经营权、自主权，如有些发包方强令承包方搞样板田，种植农民不愿种植的作物，否则即将承包方自主种植的作物予以铲除等。

2、发包方非法变更或解除合同，单方收回土地或将承包土地部分发包于第三人。有些村干部看到原来订立的农业承包合同收取的承包费较低，而如果按现在的市场行情重新发包将会获取更大的利益，于是在利益驱动及其他因素的影响下，发包方起诉承包方要求变更、解除合同，承包人则不同意变更、解除合同，就引起纠纷。

3、强迫或阻碍土地承包经营权的流转或侵犯妇女的合法承包权。

4、没有按合同约定交付承包地。

(四)因征地补偿费问题而引发纠纷

因承包土地被征用，承包方不接受补偿方案而引发纠纷。农业承包合同履行期限一般较长，承包人为了生产经营的需要，一般要进行一定的先期投入。在承包期内，因工业占地或其他项目征地，承包合同需要解除。承包合同解除后，承包方与发包方就补偿问题达不成协议就会引发纠纷。

一、土地承包合同纠纷中双方的权利

1、承包方的权利

(1)占有权

占有权是指承包经营权人对在集体所有的农业用地进行实际支配、控制的权利。占有权是承包权人实现使用、收益等其他权利的基础性权利。

(2)使用权

使用权是指承包人按照土地的自然属性和约定用途进行使用的权利。例如在耕地上种植粮食作物，在草原上放牧，在水面上养鱼等。在实际上，承包方的使用权是残缺的。很长一段时间内，国家对所有农产品实行统购统销，农民对种植作物种类的选择只能听命于国家。虽然在实行家庭承包责任制之后，统购统销的范围已大为缩减，但各种形式的统购统销制度仍然广泛存在。目前，尤其在产粮区，农民选择种植作物的权利仍然受到各种限制。

(3)收益权

收益权是指承包人获取土地上所产生的利益的权利。承包人在土地上自己种植、养殖、畜牧的农牧渔业产品，其所有权应为承包人拥有。

2、发包方的权利

(1)承包金的收取权

土地承包金是在承包合同中约定的，由承包方向发包方交纳的作为使用承包土地的对价的费用。在土地租税制度改革以前，通过均包方式取得土地承包经营权的承包方只须向发包方交纳乡统筹和村提留即可，无须另行交纳承包金。换言之，承包金是以乡统筹和村提留的形式收取的。而以其他方式取得土地承包经营权的承包方则应支付承包金。

(2)调整土地的权利

村集体是否拥有此项权利，视土地承包模式有所不同。在均田承包模式中，村集体一般均有权对土地的分配进行调整，在规模经营和股份合作模式中，村集体甚至有权将土地收回重新发包，而在湄潭模式中，村集体则不具有调整土地的权利。