1、合同主体资格的风险

大型建筑企业大多数都在外地开办有分公司，但是其中有很多分公司名义上是某企业的分公司，实际上是包工头在独立运作，包括投标、施工等。按照一般的"行规"，包工头中标之后，应该是以建筑企业本身的名义来签订合同的。但是，有部分包工头为免交一定数量的管理费，中标之后不通知建筑企业，而是私刻建筑企业的公章来与业主签订合同。一旦出了问题，包工头就跑了，而合同又不是建筑企业自己签的，业主的利益很难保障。

2、合同双方权利义务约定不全面的风险

目前工程合同中普遍存在的一个现象就是合同双方的基本权利义务约定不全面，主要是义务方面存在漏项。比如对于业主来说，招标时候的本意是打算将施工过程中的一些附随工程也交给施工单位承担，但是合同条款里面表达的不是很准确，于是施工单位就以超出合同范围为由拒绝施工，其主要目的无非是借机多收一点钱，但业主也没有办法，只好再额外多花一点钱。

3、合同计价方式约定不当的风险

国内工程合同里面最常见的计价方式有三种，分别是总价包干、单价包干、成本加酬金。三种计价方式其实是有各自的适用特点的，不能不加考虑的随便选用。比如总价包干方式，适用于技术不是很复杂、图纸已经很稳定、工期也不是很长的工程，也就是适用于一些合同风险已经基本明了的工程。但是如果双方不加考虑地把这种计价方式应用到某个技术很复杂、设计不稳定的工程中，后果将是要么因为总价定得太高导致业主受损、要么因为总价定得过低导致施工单位受损，同时施工过程中双方还会为了价格不断争吵、扯皮，影响施工进度。

4、合同条款的合法性风险

合同双方不一定都懂得法律规定，尤其是一方懂、另一方不懂的时候，往往就会出现问题。比如某工程，承包商找到分包商，想把工程中的某一段交给分包商完成。但是分包商自己明白，这一段工程地质情况非常复杂，地下管线也不明，施工起来其实风险很大。于是分包商就要求在分包合同里面约定安全责任由承包商独自承担，这样他才同意施工。承包商明白这个约定是无效的，但是为了骗取分包商进场施工，就答应了。事后果然发生事故，最终业主要求分包商和承包商一起承担连带责任。

5、付款条款不明确的风险