公司办理食品经营许可证的流程是：1、向当地市场监督管理局提交申请；2、提交公司营业执照、法定代表人身份证复印件、从业人员身份证复印件、健康证和知识培训合格证等材料；3、符合法律、法规和食品安全国家标准的，发给食品经营许可证。

食品经营许可证在哪办

根据相关的法律规定以及国家工商总局的有关规定，工商部门负责《食品流通许可证》的发放，凡从事食品流通经营活动，都应到工商部门申领《食品流通许可证》。所以，食品经营许可证需要到工商部门办理。

在办理该证时，需要提交相关的文件材料。具体包括：许可申请书，名称预先核准通知书，经营场所合法使用的有关证明，负责人的身份证明，委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明，专职或者兼职食品安全管理人员的身份证明，与食品经营相适应的经营设备、工具清单，等等。而且，申请食品流通许可证所提交的材料，应当真实、有效、符合法定形式。申请人应当对其提交材料的真实性负责。

《中华人民共和国食品安全法》第三十五条国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不需要取得许可。仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案。第三十九条国家对食品添加剂生产实行许可制度。从事食品添加剂生产，应当具有与所生产食品添加剂品种相适应的场所、生产设备或者设施、专业技术人员和管理制度，并依照本法第三十五条第二款规定的程序，取得食品添加剂生产许可。生产食品添加剂应当符合法律、法规和食品安全国家标准。