一、非法经营违法所得数额认定

非法经营种类不同，数额巨大标准也不同。需要结合具体情况，例如非法经营药品：非法经营数额在10万元以上，或者违法所得数额在5万元以上的，属于“情节严重”，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;非法经营数额在50万元以上，或者违法所得数额在25万元以上的，属于“情节特别严重”，处五年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。

二、违法所得要如何计算

违法违章案件违法所得计算方法国家法律、法规、规章，构成投机倒把违法违章行为的，其非法所得的计算方法是：凡有进销价（包括批发价、零售价）的，以销价与进价之差作为非法所得;属于生产加工的，以生产加工的产品的销价与成本价之差作为非法所得。

1.（直接费用是指正当的运输费、保管费、差旅费等三种直接用于生产经营活动的费用）.

2、（为投机倒把活动提供运输工具收取的运输费是否属“非法所得”:当事人为投机倒把活动提供运输等其他方便条件，构成《投机倒把行政处罚暂行条例》第三条第一款第（八）项规定之行为的，其从中获取的经济利益包括运输费，应视为非法所得;如果当事人只是在从事正常的运输业务中上当受骗，未构成投机倒把的，其所收取的运输费，不应视为非法所得）。

3、“成本价”，即生产加工产品的原材料购进价格，不含生产加工过程中的其它费用。

三、非法经营数额和违法所得数额

非法经营数额是指行为人生产、制造、加工、拣选或者经销的全部违法商品的价值。违法所得数额，是指因为实施违法行为所获得的利益。犯罪分子违法所得的一切财物，都应当予以追缴或者责令退赔，对被害人的合法财产，应当及时返还。