农产品进项税额计算扣除的方法：

1、购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；

2、按照简易计税方法依照百分之三征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和百分之九扣除率计算进项税额；

3、取得农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和百分之九扣除率计算进项税额；

4、纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十三率货物的农产品，以农产品买价和百分之十扣除率计算进项税额。

土地增值税扣除金额如何计算

《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定，对单位或个人转让非住宅类旧房及建筑物，凡能提供原购房发票的，经当地税务机关确认，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5％计算扣除项目的金额。其中加计扣除项目的每年，指购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计1年；超过1年，未满12个月但超过6个月的，可以视同1年。对于纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为与房地产有关税金予以扣除，但不作为加计5％的基数。

应纳土地增值税计算步骤：

计算扣除项目金额＝原购房发票金额（1＋5％N）＋转让环节缴纳的有关税金，其中N代表原购房发票所载日期至售房发票开具之日止的年数；

计算土地增值额＝旧房及建筑物转让价款－扣除项目金额；

计算土地增值率＝（土地增值额扣除项目金额）100％；

根据土地增值率找出土地增值税适用税率；

计算应纳土地增值税＝土地增值额适用税率。

《中华人民共和国税收征收管理法》第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。