1、在公司股东自行组织的清算中，应当保证各股东的知情权、参与权、表决权和确认权。2、在申请审查阶段，受案法院应当召开听证会，采取举证责任倒置的原则；即要求被申请人提供其在自行清算中不存在故意拖延清算，或者不存在其他违法清算和可能严重损害股东利益的相应证据。3、最高法院对公司法的相关司法解释只规定了非法清算造成的赔偿责任可以涉及诉讼。显然，股东对清算行为效力的异议是一种新的诉讼类型。一般而言，股东对公司清算的异议之诉中的被诉主体应根据公司是否被注销而有所不同。

如何防止股东权益滥用？

防止大股东的权利滥用，应当在公司的章程中对于大股东的权利进行限制。并保护中小股东的利益。首先需要保障中小股东的知情权，股东的知情权是指股东可以查阅并复制董事会会议决议、监事会会议决议、复制股东会会议记录以及财务会计报告。

《公司法》第一百八十二条，公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失；通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。