可以在内地公安机关出入境管理部门的出境大厅自助查询终端机查询。

查询港澳通行证剩下次数，可以按照如下方法查询：

1、为方便持证人掌握签注的使用情况，内地公安机关出入境管理部门在出境大厅安装了自助查询终端机。持用电子往来港澳通行证的旅客只需将证件置于终端平台上，即可方便快捷地详细掌握自己的签注使用情况和签注剩余次数，并可为持证人打印提示条。

2、港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务。相关资料通过计算机屏幕供持证人阅读，不提供打印的提示条。

电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内部嵌有非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，采用成熟的数字安全防伪机制进行保护，印制过程中还使用了多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。电子往来港澳通行证启用后，往来港澳签注不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面(可以重复擦写)。