公司的股东资本金投入大于注册资本，可以作两种处理，一是在没有任何约定的情况下，超出部分作为股东对公司的债权，二是股东溢价出资，超出部分作为资本公积。若是前者可参与破产分配，但肯定不可能全部追回了，只能与其他债权人按比例分配破产财产。若是后者，作为出资，则不能追回。

一、股份制度公司股权怎么分配

股份制度公司股权分配：持股比例，按各股东认缴出资额占注册资本的比例直接计算持股比例。认缴出资额和注册资本一经确定，持股比例自然确定。股利比例是指公司分配税后利润时，各股东在计算股利数额时所能享有的比例。表决权比例，是指公司对重大事项进行表决，各股东表决时所享有的表决权占表决权总额的比例。剩余财产的分配比例，是指清算后剩余财产由股东分配的比例。

二、公司回购的股份要如何处理

公司回购的股份可以作以下处理：

1、选择注销。公司购回本公司股票后，如果注销该部分股份，必须在十个工作日内完成，并向工商行政管理部门申请办理注册资本的变更手续；

2、作为库存股保留。如果是作为库存股，必须在十个工作日内完成登记手续。

有限责任公司在以下情况下股东可以请求公司回购股东股权：

1、公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件；

2、公司合并、分立、转让主要财产的；

3、公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。

三、公司股权分配应该如何办理

公司股权分配具体方式如下：

（一）持股比例，直接按照各股东认缴的出资额占注册资本的比例计算。一旦确定认缴金额和注册资本金额，自然会确定持股比例；

（二）分红比例，分红比例是指各股东在分配税后利润时可以享受的计算分红金额的比例。股东按照实收出资比例分红；公司增资时，股东有权按照实收出资比例优先认购出资。但全体股东约定不按出资比例分红或者不按出资比例优先认缴出资的除外。公司弥补亏损，提取公积金后的税后利润，股份有限公司按股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外；

（三）表决权比例，表决权比例是指公司在表决重大事项时，各股东投票时，表决权占全部表决权的比例。股东大会应当按照出资比例行使表决权。除公司章程另有规定外。股东出席股东大会，持有每股表决权。但公司持有的公司股份没有表决权；

（四）剩余财产分配比例，是指股东在公司清算完成后分配剩余资产时，用于计算各股东应分配剩余财产的比例。公司财产分别支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定赔偿金所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按股东出资比例分配，股份有限公司按股东持有的股份比例分配。