1、民主议定原则和合法性原则。

村民自治必须是真正的大多数村民的集体意志，而不是某个人或某些少数人的意志，且该意志不能违反法律的强制性规定。《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十条第二款规定：“村民自治章程、村规民约以及村民会议或者村民代表会议讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容”。一些农村部分村民的土地收益权得不到保护，与人们对村民自治的模糊认识有很大的关系，其所依仗的就是村民自治制度所赋予的一些权力，其实这是对村民自治权力的滥用。在一个民主和法治的国家，任何形式的自治都不能同国家的依法行政相违抗，任何形式的自治章程都不能同国家的法律相抵触，任何形式的社区民主决定都不能损害公民的基本权利。因此，那些同国家法律、法规和国家政策相抵触的自治章程、村规民约以及村民民主决定都是自然无效的。村民自治必须在民主和法治的轨道上才能获得健康发展，必须做到既要充分发扬民主又要遵守法律。

2、平等原则。

在进行征地补偿款分配中，要充分保障每个集体经济组织成员或村民享有平等的待遇，正确地处理利益关系。之所以会出现剥夺少数成员或村民征地补偿款分配的收益权，主要受经济利益驱动的影响，农村集体经济组织每次的收益和征地款分配总量是恒定的，为了更多的分配集体收益，惟有通过减少应分款人数来实现多数村民的最大利益化，因此，公正、公平地分配征地款是保障每个成员或村民享有土地收益权的前提。

3、权利、义务相一致原则。

集体成员在享有分配利益的同时要考虑其对集体所尽义务的大小，做到权利与义务相一致，公平合理地分配征地款。

一、农村土地征用存在的问题：

1、土地征用程序不到位。

土地征用原本必须按照以上规定，严格按程序操作。而在农村土地征用中，大部分未按规定操作，用地单位往往仅在征得被征地农户同意后，便与村集体经济组织或村民委员会私下订立征用协议。稍民主一点的被征地单位，召开村民代表会议讨论决定，否则，在毫无民主的情况下仅以其它会议的形式甚至个别人以个人意志代替村民代表会议，私下买卖土地。从而导致农村土地征用过程的缺乏公开性、民主性和规范性，严重侵犯村民及村集体的利益。

2、土地征用协议内容不规范。

土地征用涉及多方利益关系，土地征用协议应明确规定各方的权利义务关系。现实中，双方所签订的有关协议往往比较粗糙，土地征用价格往往由双方自行协商确定。涉及土地征用条款的规定比较简单，表述不够明确，内容不够全面。土地征用款只规定总额而未明确土地补偿费、安置补助费、青苗补偿费、地上附着物补偿费等项目的具体数额；双方权利义务的规定比较模糊，一般无违约责任条款。由此容易发生纠纷。

3、农村干部违法违纪现象突出。

部分村干部法制意识不强。农民群众对征地程序、补偿安置费标准缺乏知情权、参与权，一些基层村组织拖欠、截留、挪用、私吞征地补偿款，给予被征地农民的补偿不合理或未能妥善安置被征地农民，没有树立依法用地的意识，或独断专行、滥用手中的职权，对征用土地的价格、土地征用款的分配以及用地的性质等重大问题不按规定召开有关会议，由集体讨论决定，缺乏应有的公开性和民主性。有的还私下收取不正当利益，以明显低于市场的价格非法转让土地，损害村集体经济组织的利益，引起群众的不满。

农村征地补偿款的分配原则，有一部分其实也适用于城镇征地工作，但是，当下农村征地存在着的社会矛盾是比较突出的，除了村民本人根本就不理解农村土地所有权的法律常识之外，乡镇政府制定的农村征地补偿方案，很多时候到了村委会这一层就没有得到很好的落实，也容易激化村民对征地工作不满的态度。