税务登记审计的主要内容如下所示：根据国家规定，应从以下几方面进行审计：

(1)审查税务登记的范围。征税机关对管辖区内已办理工商登记手续的单位和个人，是否全部进行了税务登记，有无登记漏户使税源流失的情况。

(2)审查税务登记的内容。纳税单位和个人所应登记的企业名称、法人代表、地址、所有制形式、隶属关系、经营方式和范围、主管部门、批准开业部门、开户银行及帐号、财务负责人、办税人员、分支机构等，内容是否齐全真实，是否存在漏项，错项，内容虚假和不明确的现象。

(3)审查税务登记的程序。税务机关在办理税务登记时，对纳税人的营业证件等材料是否进行了审计，验证无误后填发税务登记证;是否由纳税人亲自办理登记;税务登记证是否由纳税人本人使用，有无转借转让情况。

(4)审查税务变更登记。税务机关对管辖内纳税单位和个人发生转业、歇业、复业、改组、合并等经营变动事项时，是否及时审查，验证实情，及时注销原税务登记，结清税款和原用发票、税票，监督其按期办理新的税务登记。

(5)审查税务登记资料的管理。基层税务机关的税务登记管理制度是否健全，税务登记表项目填列是否齐全;是否按税务登记表，分经济类型、行业、地区、建立税务登记档案;是否按纳税户和纳税编号编制登记清册，建立户顺台帐;是否建立变更登记清册;是否分户建立纳税档案等。对税务登记资料不全和管理混乱的，要认真检查有无重大漏错户情况。