一、土地确权纠纷由谁处理

个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理跨县级行政区域的、同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的争议案件。

二、土地确权后如果有争议怎么办

若对农村土地确权有异议，属于《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第二条规定的纠纷。发生土地确权纠纷，当事人可以和解、可以村民委员会或乡镇人民政府调解，也可以直接向人民法院提起诉讼。

农村土地承包经营纠纷包括：

（一）因订立、履行、变更、解除和终止农村土地承包合同发生的纠纷；（二）因农村土地承包经营权转包、出租、互换、转让、入股等流转发生的纠纷；

（三）因收回、调整承包地发生的纠纷；

（四）因确认农村土地承包经营权发生的纠纷；

（五）因侵害农村土地承包经营权发生的纠纷；

（六）法律、法规规定的其他农村土地承包经营纠纷。

第三条，发生农村土地承包经营纠纷的，当事人可以自行和解，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解。第四条，当事人和解、调解不成或者不愿和解、调解的，可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

三、有争议的土地怎么确权

有争议的土地应采取民主协商、村民议决的方式待争议解决后颁证确权。当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡镇人民政府等调解解决；当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。