1、犯罪的主要客体不同。前者侵犯的主要客体是国家关于传染病防治的管理制度；后者侵犯的主要客体是社会的善良风尚。

2、客观要件不同。首先，行为的违法性内容不同。前者违反的是传染病防治法的规定，后者则不仅违反了传染病防治法的规定，而且更主要地违反了关于不得卖淫、膘娟的规定。其次，是否需要以一定的危害结果为犯罪的必备构成要件不同。前者是结果犯，必须以引起甲类传染病传播或者引起其传播的严重危害的危害结果为必备构成要件；后者是行为犯，只要是明知自己患有严重性病而卖淫、嫖娼的，不管是否已引起性病传播或具有传播的危险均可构成该罪。

3、主观要件不同，前者是出自过失，即行为人对引起甲类传染病的传播或者有传播的严重危险这一危害结果持过失的心理态度；后者是故意，严重性病患者卖淫、嫖娼的直接目的虽常常不是要将性病传染给他人，但其对于造成性病的传播或者传播的严重危险这一危害结果显然是明知并且希望或放任的。

4、主体要件不同。前者是一般主体，既可以由自然人构成，也可由单位构成；后者是特殊主体，即只有患有梅毒、淋病等患严重性病的自然人方能成为其主体，单位不能构成该罪。

5、两者传播的对象不同。前者传播的是鼠疫、霍乱等甲类传染病；后者则是梅毒、淋病等严重性病。

一、妨害传染病防治罪量刑标准有哪些

1、妨害传染病防治罪量刑标准是处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。妨害传染病防治罪是指违反传染病防治法规定，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。

2、法律依据：《刑法》

第三百三十条违反传染病防治法的规定，供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的，引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。