根据我国相关法律的规定，货物运输合同是需要缴纳印花税的。凡印花税纳税单位均应按季进行申报，于每季度终了后十日内向所在地地方税务机关报送印花税纳税申报表或监督代表报告表。只办理税务注册登记的机关、团体、部队、学校等印花税纳税单位，可在次年一月底前到当地税务机关申报上年税款。

印花税的纳税期限是在印花税应税凭证书立、领受时贴花完税的。对实行印花税汇总缴纳的单位，缴款期限最长不得超过一个月。

一、印花税的货物运输合同的计税依据

以运费收入不含税20万依据，依0．5‰计算印花税。

《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》（国税发〔2006〕101号）第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括：

1．货票（发站发送货物时使用）。

2．运费杂费收据（到站收取货物运费时使用）。

3．合资、地方铁路货运运费结算凭证（合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用）。

上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。

对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据；对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。

二、货物运输合同缴纳印花税的注意事项有哪些

1、没有确定下来的事项尽量先不要签订合同。

根据印花税相关政策规定，企业签订了应税合同即产生了印花税纳税义务，而不论合同是否履行或者全部履行，并且在一般情况下，印花税多缴不退不抵。

2、对于不确定的合同金额不要过分高估。

根据印花税相关政策规定，印花税的计税依据是根据合同金额确定的，如果合同金额大于实际结算金额，一般情况下，多缴的印花税不退不抵。

3、不同类型的经济事项尽量分开签订合同。

根据印花税相关政策规定，目前印花税仅对条例中税目税率表中正列举的应税合同的签订行为缴纳印花税，不属于列举范围内的合同，不需要缴纳印花税。

4、适用不同税率事项的金额千万不要混淆。

根据印花税相关政策规定，同一凭证，载有两个或两个以上经济事项而适用不同税目税率分别记载金额的，按各自的税率分别计算印花税，未分别记载金额的，按税率高的计税。

5、购销合同签订时价格和税金要分开记载。

根据印花税相关政策规定，购销合同的计税依据为合同上所载明的“购销金额”，根据2016年国家税务总局视频会议解读中明确表示，合同中所载金额和增值税如果分别注明的，按照不包含增值税的合同金额确定计税依据，若没有分别注明的，则需要以价税合计数为缴纳印花税的计税依据。