澳大利亚海关是澳大利亚联邦最早设立的政府机构之一，总部设在堪培拉。澳大利亚宪法第86章明确规定：海关为公共职能部门，依法实施强制性的措施和管理，严厉惩罚违法者，同时采取一切必要的措施促进商贸的发展。

澳大利亚海关署有以下职能：

(1)除对人员、货物、运输工具及邮件等的监管外，还代表其他政府有关业务部门实施边境管理，如卫生检疫、动物保护、文物保护、商标保护及移民事宜等；

(2)实施联邦政府的部分推动工业发展的措施，如关税、配额、补贴、出口激励措施等；

(3)征收关税、部分销售税、间接税及其他有关税费，对违法者进行起诉；

(4)向澳大利亚统计局提供进出口贸易统计材料。

2008年12月4日，澳大利亚总理陆克文宣布澳大利亚海关署更名为澳大利亚海关与边境保卫局，赋予澳大利亚海关更多边境保卫职权，包括协调边境情报的搜集并对情报进行分析，协调监管、监视和水上行动，进行国际合作，打击海上偷渡。职权增强后，澳大利亚海关通过统一的监管和一点问责制，可以应对复杂的边境保卫方面的挑战。

更名后有一个过渡期，部分职责、职能和资源从澳大利亚移民部转至海关与边境保卫局。

澳大利亚海关与边境保卫局负责管理澳大利亚边境的安全。澳大利亚海关与边境保卫局致力于与其他政府机构（特别是联邦警察、检验检疫局、移民部和国防部）和国际组织一起，打击边境上非法货物和人员的流动。

澳大利亚海关与边境保卫局总部位于首都堪培拉，全国工作人员和海外派驻人员共计5500人，拥有海上巡逻舰队，并与两家空中监管服务提供商签约，使用其飞行设施进行海上监视与行动。

拦截非法毒品和火器，保护澳大利亚民众安全，是澳大利亚海关与边境保卫局的一项重要任务。澳大利亚海关与边境保卫局运用多种技能（包括情报分析、计算机系统分析、工作犬和各种其他技术），确定高风险的飞机、船舶、货物、邮递物品和旅客。

澳大利亚海关与边境保卫局服务的客户包括澳大利亚民众、政府、商界、旅客和其他政府机构。

澳大利亚海关与边境保卫局设一名局长（ChiefExectiveOfficer）、三名副署长（DeptyChiefExectiveOfficer）。主要有三大职能：

-促进旅客快速通关和贸易便利

-边境执法

-征税

澳大利亚ICS系统

澳大利亚海关与边境保护局一体化货物通关系统（IntegratedCargoSystem，简称ICS）是用于处理进口和出口运输工具申报和报关单申报的电子通关系统。该系统将海关与出口商（或其代理）、仓库和货栈经营者、集货人、货代、航空公司、船公司、许可证签发机构和其他政府部门（如澳大利亚统计局ABS，澳大利亚检验检疫局AQIS）联网，提供以下功能：

1．自动化进出口申报；

2．免除了让企业交验纸质许可证件的需要；

3．加快和简化了进出口海运和空运货物舱单的处理；

4．加强了海关监控高风险进出口货物能力，同时又保证大部分进出口货物通关顺畅；

5．向ABS及时传输进出口贸易统计信息。

澳大利亚海关与边境保卫局在伦敦、曼谷、北京、布鲁塞尔、雅加达、东京和华盛顿设有代表处。