软件版权的认定如下：

1、原创软件的注册是软件开发者通过最初的开发活动完成的软件；

2、二次开发软件登记，软件开发者通过合法开发活动，在原软件的基础上完成新软件；

3、计算机软件版权属于自然人；

4、由两个以上自然人、法人或者其他组织合作开发的软件，著作权归属应当在合作开发人员签订的书面合同中约定。

怎么申请软件版权登记？

一、填写软件著作权申请表。二、提交软件著作权申请文件。三、缴纳软件著作权申请费。四、登记机构受理申请。五、软件著作权申请文件补正程序。六、获得计算机软件著作权登记证书。计算机软件著作权登记申请受理之日起30个工作日后，软件著作权申请人或代理人可登录中国版权保护中心网站，查阅软件著作权登记公告。

《中华人民共和国著作权法》第七条国家著作权主管部门负责全国的著作权管理工作；县级以上地方主管著作权的部门负责本行政区域的著作权管理工作。