电子版港澳通行证持证者在通关时，可以经自助通道刷卡并摁下指纹，即可自助通关，全程只需10秒钟左右。可用自助查验通道内地口岸边检机关对7周岁以上（含）、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行。但对于从同时通航港澳的空港、海港口岸出境的，暂时无法提供自助通关服务；赴港澳旅游团队仍需按现行规定经由人工检查通道出境。首次入境香港需人工批准根据香港入境事务处规定，16周岁以下人员不能使用香港自助查验通道（通常称为“e－道”），16周岁以上（含）、持用新申领的电子往来港澳通行证首次入境香港，仍须经人工查验，才能在该次入境后使用香港自助查验通道。澳门治安警察局则规定，11周岁以下人员入境澳门不能使用自助通道。指纹安全有保障由于新版通行证要采取持证人的指纹信息，为保证指纹信息安全，公安部出入境管理局与香港出入境事务处和澳门治安警察局、保安部队事务局签署了指纹信息应用合作文件，港澳相关单位承诺将不会存储证件中的指纹模板信息，不会将其用作口岸出入境查验之外的其他用途，不会向任何第三方提供。签注使用可查询内地公安机关出入境管理部门将向持证人提供电子往来港澳通行证签注剩余次数的查询服务，并可为持证人打印提示条。港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸（主要是海港码头口岸）设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务，相关信息通过计算机屏幕显示，不提供打印的提示条。二维码读取签注信息证件背面，还有一个二维码，供管理部门在必要情况下使用。例如，在口岸查验时，如证件芯片损坏，可以通过二维码来读取签证信息进行验放。【通关】旅游团仍由人工通道出境内地口岸边检机关对7周岁以上（含）、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行，但对于同时通航港澳的空港、海港口岸出境的，因系统无法判断持证人目的地以进行签注减次，暂时无法提供自助通关服务；赴港澳旅游团队仍需按现行规定经由人工检查通道出境。香港入境事务处规定，16周岁以下人员不能使用香港自助查验通道。16周岁以上（含）、持电子往来港澳通行证首次入境香港的，须经由传统柜位办理入境手续，经人工检查获准入境，方可在入境后使用香港自助查验通道。澳门治安警察局规定，11周岁以上人员不能使用澳门自助查验通道。此外，免登记使用港澳地区自助查验通道需事先授权。希望免登记使用港澳地区自助查验通道的申请人均须签署免登记使用港澳地区自助查验通道的声明（未满16周岁的由监护人签署）。