两年不同居并不会自动离婚，我国离婚的方式有两种，一种是协议离婚，夫妻双方达成离婚协议并亲自去婚姻登记机关办理离婚登记，取得离婚证后，才算离婚。

另一种是诉讼离婚，法院的离婚判决生效时才算离婚。因此没有自动离婚。

对方不肯离婚可以去民政局申请两年不同居自动离婚吗

两年不同居不会自动离婚，如果一方不同意离婚，另一方可以通过向法院起诉离婚的方式离婚。如果感情确已破裂，调解无效的，法院会准予离婚。有以下情形可以认定为夫妻感情破裂：（一）重婚或者与他人同居；（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；（四）因感情不和分居满二年；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。