私募基金公司主要是缴纳所得税，除了所得税外，私募股权投资企业要对其从事的管理、咨询服务业务还要缴纳营业税、城建税和教育附加费，另外还要缴纳一定的印花税。

私募股权基金按组织形式可以分为公司制、有限合伙制和契约制。对于公司制私募基金而言，主要适用的法律有《公司法》、《企业所得税法》。对于有限合伙制私募基金而言，主要适用的法律是《合伙企业法》。对于契约型私募基金而言，传统的通道型私募基金主要依据各类通道的规定，例如银监会发布了《信托公司私人股权投资信托业务操作指引》规范信托制私募股权基金，而直接私募尚无明确依据。

基金层面的税收问题因私募基金组织形式的不同而不同。公司制私募基金因证券交易或股权交易所得收入应根据《企业所得税法》纳税，按照“转让财产收入”、“利息收入”计算所得税，税率为25%。

由于《企业所得税法》第二十六条规定：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益属于“免税收入”，故当公司型私募基金获取被投资企业的股息、红利时，可免交所得税。其中，“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。此外，对于创业投资企业从事国家需要重点扶持和鼓励的创业投资有专门的税收优惠政策。