1、持证人出境前遗失证件，向原受理申请的直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门提出申请，经核实后审批补发给《往来台湾通行证及相应的前往台湾签注。因特殊情况持证人来不及返回原发证地的，应向原受理申请的公安机关申明原因，由原审批发证的省、自治区、直辖市公安厅、局出入境管理部门委托申请人所在地的同级公安机关出入境管理部门代为补发证件及签注。

2、持证人在境外遗失证件，可通过民间机构或者委托其大陆亲属，向公安部出入境管理局或原受理申请的公安机关出入境管理部门提出申请，并提交拟入境的具体时间、所乘交通工具的班(次)及入境口岸。经核实后，由公安部出入境管理局通知申请人拟入境口岸所在地的公安机关出入境管理部门签发给一次入出境有效的《中华人民共和国入出境通行证，并通知拟入境口岸的边防检查机关准予入境。入境后由原受理申请的公安机关出入境管理部门补发给证件及签注。

3、公安机关出入境管理部门补发证件的同时，应当将大陆居民遗失《往来台湾通行证的有关资料报公安部出入境管理局。