农村租赁土地，协议中写明了允许建房，是耕地，条款无效。因为农用地被私下改为建设用地，违反《土地管理法》，而任何违反法律的合同条款，都是无效的。

一、非法占用农用地罪是指什么

非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变占用土地的用途，造成大量耕地、林地等农用地的破坏。根据《中华人民共和国刑法》规定违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。本罪侵犯的对象是国家耕地管理制度。本罪客观上表现为违反土地管理法规，非法占用耕地改为他用，数量大，造成大量耕地破坏。本罪的主体可以是自然人，也可以是单位。本罪主观上是故意的。

二、非法占用农用地罪应如何处罚

构成非法占用农用地罪的，相应的处罚为：一般处三年以下有期徒刑或者拘役；致使国家或者集体利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑。非法占用农用地罪，是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。

三、非法占用农用地罪是怎么判刑的

非法占用农用地罪会这样处罚量刑：行为人违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，构成非法占用农用地罪，应处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。