一、依据的法律不同

确认调解协议案件，是申请人依照《中华人民共和国人民调解法》的规定，申请人民法院对经人民调解委员会(其中包括：村民委员会、居民委员会、乡镇、街道办事处及社会团体、其他组织参照人民调解法有关规定设立的人民调解委员会)，调解达成的调解协议，进行司法确认其效力的案件，是当事人间的矛盾，在人民调解委员会的参与下，得到化解，所达成的协议，要求法院对协议的内容进行审查，确认其是否违背法律规定；而确认合同效力案件，是平等主体之间，因设立、变更、终止民事权利义务的协议，当事人对协议效力是有效、无效、可撤销和效力待定等状态，在认识上出现分歧时，由协议一方当事人依据《民法典》的规定，要求法院对协议认定有效或者无效的诉讼行为，是当事人间的矛盾，尚未得到解决，要求人民法院依照法律规定，就当事人的分歧作出评价。

二、管辖的法院不同

确认调解协议案件，只能由调解组织所在地的基层人民法院管辖，当事人对管辖不具有选择的权利；而确认合同效力案件，可根据案件疑难复杂程度、或者在本地区影响程度、标的额是否巨大等因素来确定审级。当事人可选择合同履行地或者是被告所在地的人民法院管辖，当事人还可以根据约定，选择合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的法院管辖。

三、提起的时间及方式不同

确认调解协议案件，是申请人根据人民调解法规定，自调解协议生效之日起三十日内，共同向人民法院申请司法确认行为，不能单方申请，更不能委托代理人代为申请司法确认；而确认合同效力案件，是合同一方当事人根据民法典的规定，一般情况下在两年的诉讼时效内，本人或者委托他人请求法院确认合同有效或无效。确认调解协议案件不适用时效中止、中断情形；而确认合同效力案件适用诉讼时效中止，中断的情形。

四、适用的程序不同

确认调解协议案件，适用的是特别程序，由审判员一人独任审理，实行一审终审制，当事人不能提起上诉；而确认合同效力案件，适用的是诉讼程序，可以由审判员一人独任审判，也可以组成合议庭审理，实行两审终审制，当事人不服一审裁判结果，可以提起上诉。

五、处理方式不同

确认调解协议案件，人民法院受理申请后，经审查符合法律规定的，裁定调解协议有效，不符合法律规定的，裁定驳回申请，无需开庭审理。在人民法院作出裁定前，一方或者双方当事人撤回司法确认申请的，人民法院应当准许。而确认合同效力案件，法院受理后，则需要开庭审理，对合同是否有效，针对起诉人的不同或诉讼请求的差异，选择适用判决或者裁定。宣判前，原告申请撤诉，是否准许，由法院决定。一般情况下，确认调解协议案件，调解协议被确认有效并发生法律效力后，具有给付的内容；而确认合同效力案件，不具有执行内容。

六、第三人行使撤销权的条件不同

确认调解协议案件，案外人认为经人民法院确认的调解协议侵害其合法权益的，可以自知道或者应当知道权益被侵害之日起一年内，向作出确定的人民法院申请撤销；而确认合同效力案件，案外人对法院生效的判决、裁定、调解书，有证据证明部分或全部错误，损害其民事权益的，可以自知道或者应当知道权益被侵害之日起六个月内，向作出该判决、裁定、调解书的人民法院起诉。但前提是，不能归结于本人的事由未参加诉讼，如果系第三人自身的原因引起的，即就是有证据证明判决、裁定、调解书部分或全部错误，损害其民事权益的，也不能行使撤销之诉，只能行使案外人再审之诉。而确认调解协议案件，没有该前提性规定。

七、其他方面的不同

确认调解协议案件，当事人称谓是申请人，确认裁定的首部格式书写上，无被申请人一行，案号挂“调确字号”；而确认合同效力案件，当事人称谓是原告、被告，案号一般情况下挂“民初字号”。确认调解协议案件，收到当事人申请，应当在三日内决定是否受理。自受理申请之日起十五日内是否作出是否确认的裁定，因特殊情况需延长的经本院院长批准，可以延长十日。法院办理人民调解协议司法确认案件，不收取费用；而确认合同效力案件，应当在到起诉状七日内决定是否受理。自立案之日起，适用简易程审理的案件，应当在立案之日起三个月内审结。在审理过程中，发现不适用简易程序的，裁定转为普通程序。适用普通程审理的案件，必须在六个月内审结。有特殊情况需延长的，经本院院长批准，可以延长六个月；还需延长的，报请上级人民法院批准。法院办理确认合同效力案件，依照人民法院诉讼费收取办法的规定收取费用。