1、农民利益问题。一是不能违背农民的意愿强迫流转，流转的条件、方式、价格等应由农户自主决定;二是土地流转后农户的既得利益要不低于或高于土地流转前，否则流转将很难实行。

2、流转主体问题。一是采取转包及互换方式的，不得向本集体经济组织以外的农户进行流转;二是采取转让方式流转的，可以向集体经济组织以外的农户、单位和个人流转，但由于这种流转方式使得流转方在承包期内失去了土地承包经营权，应当坚持“稳妥、慎重、本集体经济组织成员优先”的原则。

3、流转年限问题。除“四荒地”(荒山、荒沟、荒丘、荒滩)外，农民的土地承包经营权流转合同签订的时间不宜过长，到期后，根据实际情况再进行续签。

4、流转土地的用途问题。必须严格遵守《农村土地承包法》和《农村土地承包经营流转管理办法》的有关规定，不得以调整产业结构、发展农村经济等理由擅自改变原有耕地的农业用途。

5、流转合同签订问题。流转合同必须使用政府统一制订的合同文本。签定合同时应当由承包方或其书面委托的代理人签定;流转合同中要注明流转土地的边界、座落、面积、质量等级和流转土地的用途等内容。

6、流转土地的界限问题。乡(镇)农经部门要在流转土地丈量划分上严格把关，明确土地界址，确保流转土地面积与流转合同面积相符，不留隐患。