会的，在宅基地上建厂房是违建，有关部门可依法拆除。在宅基地上，只能建造住房，仅可用于村民居住，不可用来建厂房用来生产，并且宅基地也是不能出售、出租的，若是村民在使用宅基地过程中，有出售、出租宅地基行为，再次申请时则不予审批。

属于违法用地，首先宅基地有最大面积限制。其次盖房前要有准建证。两千平方的宅基地不符合规定。具体看下自己的宅基地使用证上的面积，确实是这个面积，一般问题不大。但按照《宅基地管理条例》，宅基地要在审批下来后2年施工，否则宅基地使用权由集体收回，国土部门注销宅基地使用证。厂房和宅基地的区别自己斟酌，当然也决定于国土不能是否严格按照法条执行了。

1、2000平的宅基地超出法律规定的宅基地最大面积。

2、宅基地未开工2年，使用权自动收回。

3、厂房不属于宅基地，与审批用地类型不符，涉嫌违法用地。

4、如果以后拆迁，很可能得不到赔偿。因为本身不合法，不受法律保护。而且违法用地会受到处罚。

5、《宅基地管理条例》同时规定了宅基地上房产占宅基地的最大比例，即使厂房算宅基地也受这个限制。

6、行政主管部门是否严格按照法律执行。

一、宅基地使用要注意什么

1、在农村地区，各村村民们基本都有自己的宅基地，村民们可以在宅基地上建房子，这样能解决居住问题。对于宅基地的使用，政府是有明确规定的，它仅可用于建造住房，不可用来建造厂房等等，若是有其他用途，则要向有关部门提出申请，待审批通过后，才能作为它用。

2、在农村地区，是实行“一宅一户”的，每户家庭仅能申请一处宅基地，是不可申请多出宅基地的。在宅基地上建造房屋时，应在规定的范围内建房子，不可占用耕地、不可占用他人的宅基地，若是发现有超占行为，建造者要面临相应的处罚。

3、对于宅地基的用途，个人是不可随意更改的，不可将它转让、出租，一旦宅基地的用途被擅自改变，政府是有权收回的，同时还会受到严重的处罚。