如果将这套代码分别作为前台软件和后台管理软件来申请两个的话，是可以的。

在商业和功能上来说，前台软件和后台管理软件是不同性质的，前者是为了吸引顾客或者是达到某种展示的效果的页面，后者则是适用于公司内部管理市场外部方面的，更适用于管理相关数据信息，人员信息，市场统计等方面。但是都是由同一个概念想法构造出来的以至于达成同一个目的。

而且在代码上来说，前端和后台的代码思路也是不一样的。前端代码偏重js，jq，php，Ve之类的，而后台管理的则偏重编程代码，如C，Java，net等。

通常一套完整的代码肯定包含前端部分和后台部分的。所以同一套代码中，如果要申请两个软件著作权，则可以尝试区分出前台软件和后台管理软件两个方面，形成两套代码，然后当成两个软件，这样的话就可分别用来来申请著作权了。

申请计算机软件著作权大概流程：

1.首先在网上报名;

2.整理代码上传，打印相关材料;

3.把相关材料上交到中国版权保护中心;

4.缴清相关费用;

5.在家等待审核，可以上网站查询审核结果;

6.申请成功后会在官网公开展示3个工作日的。