补充协议是主合同的从属合同，依附于主合同而成立。没有主合同，就不会产生补充协议，这是主合同与补充协议的基本关系。所以，一般来说，补充协议效力优先于主合同，因为它形成于主合同之后，是对主合同的变更或补充。当补充协议的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

一、补充协议的内容限制

补充协议的内容具有很大的灵活性，这种方式可以随时变更合同。合同签订后是否需要签订补充协议，由双方根据合同履行实际情况决定。但是，补充协议的内容也必须受到限制。

1.一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由。例如，在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。再比如，建设工程施工合同，在施工中如果发包方想把与之有关的小工程再发包给承包方，承包方愿意承接，双方可以就增加的工程内容签订补充协议。

2.补充协议对主合同的多数条款不予变更。补充过多的新约定或者对主合同修改过多，则该补充协议就难以称之为补充协议。补充协议的内容非常广泛，可以是补充付款方式，也可以是补充验收程序，还可以是补充设计变更内容。在建设工程施工和设计合同中，使用补充协议的机会比较多，主要是因为在施工中或设计开始后，发包方又会有很多新问题需要承包方帮助完成，工程经常会出现变化，这时只要双方认可变更事项，履行法律变更手续即可。

3.补充协议不能违反法律、行政法规的强制性规定。补充协议的内容有当事人自由商定，但合同双方当事人不可以利用补充协议钻法律的空子，不可以规避法律程序性规定和实质性规定。例如，在建设工程招投标中，有的招标人中标后再与招标人签订补充协议，把正式中标合同交给政府部门备案，双方私下再签订一个补充协议，擅自改变合同标的或标价，双方按补充协议执行。在中标前，投标人与招标人事先约定好，按程序中标后，投标人给招标人降低一定价格，此条件为中标条件，这样形成的中标和补充协议违背法律规定，属于无效协议。也有的合同当事人利用补充协议损害国际利益或第三方利益，这样的补充协议也当属无效。例如，合同中将较小的部分工程发包给承包方，结果双方在补充协议中签订较大工程的合同，这属于规避法律关于建设工程招标的规定。较大的工程不能采用补充协议的方式签订合同，应当按招标投标程序办理，一般来说，补充协议的内容都属于主合同遗漏的内容或依附于主合同的小项目。

二、补充协议的签订程序

补充协议的签订，与主合同的签订程序基本相同。起草补充协议时，应当写明它是对哪个合同的补充，补充了哪些事项，主合同已有的规定如果没有变动则不用调整。补充协议不可缺少的形式要件是双方的签字盖章。如果补充协议内容较多，还应加盖骑缝章。签订补充协议有两点值得注意，一是补充协议不要有对自己不利的条款，在签订之前要认真阅读条款，每一份补充协议都应谨慎签订。二是注意主合同对补充协议的排除，有许多合同规定只有本合同有唯一的法律效力，这就排斥了补充协议的效力。如果有这样的表述，应当在补充协议中先对主合同排斥条款进行修改，然后在补充协议中规定，当发生合同中的内容与补充协议不一致的情况时，以补充协议为准，以确保补充协议生效和补充的内容得到履行。

补充协议作为合同风险的救济手段之一，善用补充协议可以修补合同漏洞，完善合同不足，使合同履行更加全面、完美。