属于违法行为。如果买房的时候没有约定二楼商铺楼顶的归属，那么二楼商铺把顶层打通占用顶层商用就可以，但是二楼商铺把顶层打通占用顶层商用也要经过批准，否则也是违法违章行为。根据法律规定，装修人从事住宅室内装饰装修活动，未经批准，不得搭建建筑物、构筑物。

一、小区内违建如何处理

小区内违建的处理方法具体如下：

1、当事人可以通过举报，由县级政府的建设部门责令拆除；

2、逾期没拆除的，县级人民政府的建设部门可向法院提出强制执行申请。

一、小区违章建筑的认定标准有以下：

1、没有经过审批，未办理建造手续就擅自建造的房子；

2、建筑了房子，但是没有办理证件的房子也是属于违章建筑。

二、小区内违建的后果有以下：

1、违建的业主处以1000元—5000元以下的罚款；

2、装修企业处以5000元—50000元以下的罚款。

总之，没有获得市规划部门批准，在住宅中搭建建筑物、构筑物的，或私自改变住宅外立面、在非承重外墙开窗的，由市规划部门根据法律法规作出相应的惩罚。

二、自建房开后门算违建吗

房屋开后门是否违法要根据实际情况而定的。装修人从事住宅室内装饰装修活动，未经批准，不得改变住宅外立面，在非承重外墙上开门、窗。建筑管理条例范围内，怎样建设自己的房子都可以，如果开后门所需要的出路占用别人的土地，超出建筑红线就涉嫌违法了。