法院必须保留档案。凡到法院起诉，被立案受理的，均有案件编号。无论案件是判决、调解还是撤诉，都必须形成档案。当事人可以凭身份证和当时的案号到法院查询案件档案，也可以委托律师查询案件档案。在一般的撤诉档案中，除了撤诉申请书、撤诉笔录等有庭审笔录、传票、双方证据等内容。撤销诉讼后，原告可以以同样的理由再次起诉。法院将立案，重新编号，重新分配法官重新审理。新案和之前的撤诉案是两个不同的独立案件。现在不用于以前的纸质存档，现在都是电子存档，查询和保存都方便有保障。法院保存案件档案有利于原告、被告和法院本身。

民间借贷纠纷撤诉后法院留案底吗

民间借贷纠纷撤诉后法院不会留案底。民间借贷不是属于的刑事案件，所以法院不会判决罪名不会有案底存在的。案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，多存在于刑事案件中，又称为前科。个人的刑事犯罪记录，存于当地或上至国家级的档案中，是自然人的历史另类表现。

《人民法院诉讼文书立卷归档办法》第二条，人民法院的诉讼文书，要根据刑事、民事、经济、行政等案件类别；

按年度、审级、一案一号的原则，单独立卷。一个案件从收案到结案所形成的法律文书、公文、函电都使用收案时编定的案号。