摩托车驾照罚款扣分在12分以内的，积极处理，缴纳罚款不会对汽车驾照有影响;

如果扣分达到12及以上的，驾驶证就会被暂扣，期间驾驶人不能驾驶任何车辆，必须去参加学习和考试拿回驾照才能开车，由于汽车驾照和摩托车驾照是整合在一本上面的，所以驾照暂扣期间，汽车也不能驾驶。

根据公安部123号令

第五十八条机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。

机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证;考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。

机动车驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，车辆管理所还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对其进行道路驾驶技能考试。接受道路驾驶技能考试的，按照本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型考试。

如果同时持有摩托车驾照和汽车驾照，骑摩托车违章就只扣摩托车驾照的分，不影响汽车驾照。如果没有摩托车驾照，只有汽车驾照，那么就属于准驾不符，扣汽车驾照12分。

依据如下：

《道路交通安全违法记分分值》规定

一、机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：

(一)驾驶与准驾车型不符的机动车的;

(二)饮酒后驾驶机动车的;

(三)驾驶营运客车(不包括公共汽车)、校车载人超过核定人数20%以上的;

(四)造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的;

(五)上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的;

(六)使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证、驾驶证、校车标牌或者使用其他机动车号牌、行驶证的;

(七)驾驶机动车在高速公路上倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头的;

(八)驾驶营运客车在高速公路车道内停车的;

(九)驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50%以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的;

(十)连续驾驶中型以上载客汽车、危险物品运输车辆超过4小时未停车休息或者停车休息时间少于20分钟的;

(十一)未取得校车驾驶资格驾驶校车的。