随着轻微刑事案件快速办理机制的运行，基层法院办理轻微刑事案件逐步规范，效率也有所提高，但在实践中仍存在一些问题。

一是未配备专人专审轻微刑事案件审判。现阶段基层法院案多人少的矛盾还是比较突出，无法指定专人专门快速办理轻微刑事案件，使审判人员即要审理轻微刑事案件还要审理其他疑难案件，没有体现快速审理轻微刑事案件机制的优势，无法最大限度地发挥其应有的作用。

二是轻微刑事案件无法集中开庭审判，打乱原有工作计划。由于公安、检察在办理轻微刑事案件的时限均较短，检察院无法向法院集中移送轻微刑事案件，法院办理轻微刑事案件的时限，当承办法官在收到轻微刑事案件后，必须放下手中原来计划好的工作，临时安排送达、阅卷、开庭及至量刑，打乱了原有的工作计划，给本就紧张的工作节奏增添更多变数，进一步增大了承办法官的工作压力，不利于保质保量的完成审判工作。

三是原有内部审批体制导致审判轻微刑事案件任务重、时间紧。轻微刑事案件由于社会危害程度低，被害人的权益得到了补偿，故此类案件适用非监禁刑的机率较大。法院在立案后还需委托社区矫正机构进行调查评估，同时对判处缓刑的案件还需经过审判委员会讨论通过，整个过程非常冗长，工作量也不少，要在如此短的审限内变成以上程序，无疑增加民承办法官工作量。

四是部分被告人利用上诉拖延判决生效，避免被押送至监狱，导致司法成本增加。由于快速办理机制的实施，被告人从被公安机关讯问侦查到法院审理宣判，整个过程时限大大的缩短。