如果主合同与补充合同不一致可以具有合法性和有效性的协议为准。当主合同与补充合同不一致时，应首先考虑冲突条款的合法性和有效性。其中一个冲突条款因违法无效的，以另一个具有法律效力的协议为准。例如，当主合同约定发生争议时，由仲裁机构管辖，补充协议约定由仲裁机构管辖，也可以向法院提起诉讼。此时，补充合同的争议管辖权协议无效，仍以主合同的协议为准。

主合同与从合同

根据两个或者多个合同相互间的主从关系为标准，可将合同分为主合同与从合同。

主合同是无须以其他合同存在为前提即可独立存在的合同。这种合同具有独立性。从合同，又称附属合同，是以其他合同的存在为其存在前提的合同。保证合同、定金合同、质押合同等相对于提供担保的借款合同即为从合同。从合同的存在是以主合同的存在为前提的，故主合同的成立与效力直接影响到从合同的成立与效力。但是从合同的成立与效力不影响主合同的成立与效力。

《中华人民共和国民法典》第五百三十三条合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。

人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。