如果商标申请公司已经注销，但商标尚未转让，那么办理转让手续的方式是：转让人和受让人需要向商标局提交转让注册商标的申请书。转让注册商标申请手续应当由转让人和受让人共同办理。商标局核准转让注册商标申请的，发给受让人相应证明，并予以公告。

如果商标申请公司已经注销，但商标尚未转让，那么办理转让手续的方式是：转让人和受让人需要向商标局提交转让注册商标的申请书。转让注册商标申请手续应当由转让人和受让人共同办理。商标局核准转让注册商标申请的，发给受让人相应证明，并予以公告。

商标申请公司已注销，商标尚未转让，如何进行转让申请？

根据我国《商标法》第四十三条的规定，商标注册人可以通过签订转让协议将商标专用权转让给他人。然而，针对商标已注销的情况，需要按照一定的程序进行转让申请。

首先，商标注册人应向商标局申请商标注销，并提交相关证明文件。若商标注销申请被核准，则商标专用权将注销。接着，商标注册人应向商标局申请商标转让申请，并提交以下文件：

1. 商标转让申请书；

2. 双方签订的转让协议；

3. 转让方和受让方的营业执照或组织机构代码证复印件；

4. 转让方和受让方经公证的同意转让公证书。

此外，若受让方是自然人，则还需提交其身份证明文件。商标转让经核准后，商标专用权将转移给受让方。

总之，对于商标已注销的情况，商标注册人应先进行商标注销，然后向商标局申请商标转让申请。转让申请需要提交一定的文件，并经过核准后，商标专用权才能转移到受让方。

商标已注销,但商标尚未转让,办理转让手续需遵循一定程序。商标注册人应向商标局申请商标注销,提交相关证明文件,若注销申请被核准,则商标专用权将注销。接着,商标注册人应向商标局申请商标转让申请,提交转让申请书、转让协议、转让方和受让方的营业执照或组织机构代码证复印件、转让方和受让方经公证的同意转让公证书,以及受让方是自然人的身份证明文件。商标转让经核准后,商标专用权将转移给受让方。

《中华人民共和国商标法》第四十二条

转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议，并共同向商标局提出申请。受让人应当保证使用该注册商标的商品质量。

转让注册商标的，商标注册人对其在同一种商品上注册的近似的商标，或者在类似商品上注册的相同或者近似的商标，应当一并转让。

对容易导致混淆或者有其他不良影响的转让，商标局不予核准，书面通知申请人并说明理由。

转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有商标专用权。